El objetivo del Doctorado en Historia de los Andes es formar profesionales altamente capacitados para la investigación original, autónoma y crítica, capaces de desenvolverse como docentes de todo nivel, investigadores, consultores y/o gestores culturales.
Este programa es innovador y único. Por un lado, acoge una diversidad de enfoques historiográficos: historia de género e interseccional, historia ambiental, historia de la ciencia, historia social, historia política, historia cultural, historia global y etnohistoria. Por otro lado, se concentra sobre todo en los Andes y la Amazonía, en diferentes marcos temporales. Esa diversidad de enfoques y particularidad geográfica son abordados en conexión con procesos locales, regionales y globales, en diálogo con las ciencias sociales, las humanidades y otros campos del conocimiento, desde miradas críticas, plurales e incluyentes, para construir interpretaciones complejas de los procesos del pasado que permitan reflexionar, además, sobre el presente y el futuro.