Nació en Caracas el año 1934 y formó parte del grupo inicial que en 1953 comenzó a recibir clases de la Escuela de Sociología y Antropología de la Universidad Central de Venezuela, graduándose suma cum laude en su primera promoción de 1956. Después de egresado participó del trabajo de campo y de investigaciones empíricas por todo el país. Con esa experiencia se fue a la Universidad de Wisconsin a cursar la maestría en Sociología Rural y al regresar en 1958 se incorporó como profesor a la ESA de la UCV.
En 1960 se vinculó al grupo promotor de Centro de Estudios del Desarrollo -CENDES- de la UCV en la convicción de que había que adelantar un programa de investigación basado en el cambio social, referido no sólo a lo económico, enlazando las teorías sociales con la realidad venezolana. En esa institución promovió y participó de numerosos proyectos entre los cuales destacan el Estudio de Conflicto y Consenso, interesado en la identidad que los grupos definen sobre el territorio específico, incluyendo su autonomía política, integración social, económica y cultural; los resultados fueron recogidos en el libro Crisis de la Democracia.
Entre 1965 y 68 José Agustín permaneció en Cambridge, USA, para realizar el doctorado en el MIT y al regresar a Venezuela se plantea una ambiciosa investigación cuyo propósito fue anticipar las futuras alternativas de América Latina tomando en cuenta el contexto político mundial. Los hallazgos los presentó en libro Políticas y Bloques de poder: Crisis del sistema mundial.
Luego de una intensa actividad en CENDES, el año 1975 fue como Investigador invitado a la Universidad de Sussex en Inglaterra. Se vinculó a las tareas de la FLACSO, del CLACSO y entre 1976 y 77 es vicepresidente da la Asociación Latinoamericana de Sociología ALAS. Hasta su fallecimiento promovió diferentes iniciativas académicas en el país y en el exterior (puede consultarse la Biografía que redactó Heinz Sonntag para la Editora El Nacional).
José Agustín fue un pensador que no se dio tregua, cuyas observaciones probablemente contengan claves para entender el presente.
